水稻在抽穗扬花期感病，病菌危害穗上部分谷粒。初见颖谷缝处露出淡绿色块状小菌核，逐渐膨大，最后包裹全颖壳，形状比健谷大3-4倍，为墨绿色，表面光滑，最后龟裂，散出墨绿色粉末。

水稻稻曲病菌的传播是稻曲病菌以菌核和附着在种子上的厚垣孢子越冬，菌核在适宜条件下萌发出柄状物，其顶端着生子囊壳，产生子囊和子囊孢子。厚垣孢子在适宜的条件下，长出芽管，其尖端形成分生孢子梗，着生分生孢子。越冬的厚垣孢子及第二年夏季产生的子囊孢子和分生孢子即为稻曲病的初浸染来源。子囊孢子与分生孢子借气流传播，侵害花器和幼颖，造成发病。

适合稻曲病发生的温度是25℃—30℃，在水稻孕穗至抽穗扬花期高温、多雨、寡照等均能促进该病的发生流行。施用氮肥过多、过迟，造成植株长势过嫩、过旺，密度过大等有利于稻曲病的发生。水稻品种对稻曲病的抗病性具有显著差异，一般大穗型品种重于小穗型品种，晚熟重于早熟，抽穗期长的发病重。

防治措施：重病区注意选用抗病品种；选用无病稻种不在病田留种，稻种经过精选后，可用药剂消毒，方法同稻瘟病；清除病源发病田要及时摘除病粒，重病田收获后实行深翻，将稻曲病菌核埋入深土中，以减少病原；合理适量施用化肥，防止过多、过迟施用氮肥；药剂防治施药适期以水稻破口前3天为最宜。用5％井岗霉素水剂100—150毫升或10％可湿性粉剂50克兑水喷雾。25％粉锈宁可湿性粉剂50克兑水喷雾。目前防效较高的药剂有30％爱苗乳油和43％好力克悬浮剂。